Fundacja Jana Pawła II została ustanowiona dekretem papieskim 16 X 1981 r. w odpowiedzi na wydarzenie o znaczeniu historycznym jakim był wybór kard. Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową. Jest to fundacja kościelna, no profit, która stawia sobie za cel popieranie i realizację inicjatyw o charakterze naukowym, kulturalnym, religijnym i charytatywnym, związanych z pontyfikatem Ojca Świętego Jana Pawła II. Świadoma wielkości daru jakim dla Kościoła, Ojczyzny i świata jest osoba i dzieło Papieża Polaka, podejmuje troskę o zachowanie i rozwój tego duchowego dziedzictwa oraz o przekazanie go następnym pokoleniom. Jej szczegółowe cele, to:

• dokumentacja i studium pontyfikatu i magisterium Jana Pawła II, również we współpracy z instytucjami o podobnym charakterze;
• opieka nad pielgrzymami w Rzymie — gośćmi Fundacji;
• pomoc w formacji duchownych i świeckich, zwłaszcza pochodzących z Europy środkowowschodniej.

Cele te realizuje Fundacja poprzez konkretne programy w ramach swoich wyspecjalizowanych instytucji.